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ATAC-seq(基于高通量測序的染色質轉座酶可接近性研究)

ATAC-seq介紹

在有限的細胞核空間中,基因組的大部分是緊密折疊的,僅留下需要轉錄的部分是開放的。活化的調控序列上結合有轉錄因子,轉錄因子會招募其他蛋白啟動基因轉錄。人體內有些基因幾乎一直處于開啟狀態,有些基因用過之后就被閑置在一邊,它們的活性都處于嚴格的調控之下。因此,人們有巨大的興趣來確定一個給定的細胞類型中哪些基因組區域是有活性的。美國斯坦福大學的Howard Chang開發一種被稱作ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing), 利用高通量測序技術檢測轉座酶易接近染色質的技術。 ATAC-seq只需要很少的細胞就能鑒定基因組中所有活躍的調控序列。在ATAC-seq技術中, DNA探針(作為轉座子發揮作用)通過酶促反應(轉座酶Tn5)被整合到基因組的開放區域,然后通過測序來鑒定這些區域

 

伯豪特色

1. 樣本處理:哺乳動物,植物樣本處理經驗豐富

2. 質控管理:ISO9001認證,Illumina CSPro認證

3. 數據分析:學術界權威算法和流程;全面的分析內容;靈活的定制分析


技術參數

1. 樣本類型:組織、細胞、血液

2. 測序模式:illumina Hiseq PE150

3. 推薦數據量:≥10Gb/樣本


服務流程

實驗設計——單細胞懸液制備——微量擴增——文庫構建——測序——數據分析


數據分析

分析流程

 

數據分析內容列表

 

 

 

參考文獻

本文以研究人類精原干細胞(hSSCs)的DNA甲基化(DNAme),染色質和轉錄狀態為目的,以了解轉錄,信號和代謝狀態在hSSC分化過程中的轉變。文章中使用的關鍵技術包括ATAC-seq、WGBS、RNA-seq。

作者發現hSSC具有獨特的DNA甲基化和開放染色質景觀,同時發現開放的染色質富含激素受體的結合位點和潛在的先驅因子,這可能會激發hSSCs的激素反應。最重要的是,單細胞RNA測序(scRNA-seq)分析揭示了從hSSCs向分化c-KIT +過渡期間存4種不同的細胞狀態,描繪了hSSCs潛在的發育軌跡,hSSC從靜止到增殖,代謝活躍、到分化為精原細胞的4種細胞狀態。此外,還使用免疫熒光直接可視化scRNA-seq鑒定的差異表達基因子集的蛋白質表達,原位驗證關鍵基因組學發現。


研究思路

 

結果展示

 

1. ATAC-seq揭示的hSSCs中獨特的染色質景觀。

 

2. hSSCs中染色質潛在的“穩定”的多能性

 

參考文獻

Guo J, Grow E J, Yi C, et al. Chromatin and single-cell RNA-seq profiling reveal dynamic signaling and metabolic transitions during human spermatogonial stem cell development[J]. Cell Stem Cell, 2017, 21(4): 533-546. e6.

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