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-基于mRNA表達的GSEA分析

Demo結果

 

Demo結果解讀

通圖顯示的是GSEA分析基因集后得到的GO的ES值。圖上部的曲線表示動態ES值,最高點表示此GO的ES值。ES越顯著,表示對基因集的影響越大。

 

基于mRNA表達的GSEA分析介紹

利用不同類型數據庫(功能,通路等)的基因集,將基因集中的基因按照在實驗組與對照組樣本中的差異表達賦予不同的權重,然后檢驗設定的基因集的基因表達變化對某一個基因集(功能或通路等)的影響是否具有顯著性意義。

 

分析要求

兩分組mRNA表達數據(差異基因或者關注基因)。

 

提供結果

  1. 圖片文件(基因集富集),包括png格式;
  2. 文本文件:每個基因集的ES,NES,pvalue,FDR(Excel,html格式)。

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